Construit au premier siècle avant J.-C., il s’agit d’un ancien pont situé sur le Naviglio Interno, auparavant connu sous le nom de Flumesello, du fleuve Brenta, enterré sous les rivières Ponti Romani et Tito Livio. C’est le seul pont entièrement conservé parmi les cinq ponts de la « Patavium » (Padoue) romaine. Aujourd’hui, à la place du Ponte San Lorenzo et du Naviglio Interno, enterrés dans les années 1960, se trouvent la Riviera Tito Livio et la Riviera dei Ponti Romani. Elles ont été appelées ainsi en raison des vestiges des cinq anciens ponts romains à la structure solide et élégante, construits avec de grandes pierres de Costozza équarries au ciseau.
À partir du XIe siècle, le pont est mentionné dans des documents médiévaux sous le nom de Ponte Santo Stefano. Ce nom est utilisé jusqu’au XVe siècle en raison de sa proximité avec le couvent de sœurs bénédictines du même nom, l’actuel lycée Tito Livio. C’est seulement au XVIe siècle que l’église adjacente de San Lorenzo, supprimée par Napoléon en 1809, a pris une importance particulière, et que le pont a été rebaptisé Pont San Lorenzo.
Enterré au fil du temps, on retrouve des traces de la découverte du pont au XVIIIe siècle, mais c’est seulement grâce aux fouilles effectuées en 1938 pour restaurer le Palazzo del Bo’ de l’Université de Padoue qu’il a été totalement redécouvert. Aujourd’hui, après deux mille ans de destruction et d’inondations, on peut encore en admirer les solides vestiges.
Actuellement, le pont est accessible par un passage souterrain situé près du monument d’Antenore, que le mythe désigne comme fondateur de Padoue.