Der Turm, der das Gebäude auch heute noch prägt, stammt aus der Zeit der Kommune, als Padua eine Wasserstadt mit einem kommerziellen Flusshafen, Mühlen und einer intensiven Handelstätigkeit war. Bei Ausgrabungen wurden Hinweise auf Wohnsiedlungen in der Gegend gefunden, die auf den Beginn des 8. Jahrhunderts v. Chr. zurückgehen, sowie auf Produktionstätigkeiten, die hauptsächlich mit der Herstellung von Keramik zusammenhängen.
Zwischen dem Ende des 12. und dem Beginn des 13. Jahrhunderts wurde die heutige Struktur des Palastes in Form eines Turmhauses bestätigt, ein Gebäude, das zur Verteidigung geeignet war und den Reichtum der Besitzerfamilie perfekt repräsentierte. Die Mitglieder der Familie Zabarella gehörten zum mächtigen und engen Verwandtschaftskreis der Herrschaft Da Carrara, die Padua im 14. Jahrhundert regierte, und residierten in verschiedenen von ihnen erworbenen Anwesen. Die Familie Zabarella blieb mehr als vier Jahrhunderte lang Eigentümerin, wobei der Palazzo in seiner räumlichen Gliederung im Wesentlichen unverändert blieb, während seine Fassade radikal verändert wurde.
Die Fassade wurde Anfang des 19. Jahrhunderts von dem bekannten Architekten Daniele Danieletti im neoklassizistischen Stil umgestaltet. Im 19. Jahrhundert ließ Giacomo Zabarella, der letzte Nachkomme der Familie, die Innenräume von Giuseppe Borsato, Giovanni Carlo Bevilacqua und Francesco Hayez ausstatten. Der Palast, Sitz der Bano-Stiftung, ist ein privates Kulturzentrum, das sich dem Studium und der Förderung von Kultur und Kunst widmet.
